A autoavaliação do PPGA fundamenta-se na busca pela melhoria contínua das atividades de docência, pesquisa e extensão dos professores credenciais e na formação dos discentes, bem como na ampliação do impacto que ela causa na sociedade. O objetivo é desenvolver, monitorar e refletir acerca das práticas adotadas sob a perspectiva da Amazônia Ocidental. Com base nas informações obtidas por meio de indicadores, reuniões periódicas são convocadas para discussão dos resultados a partir de metas estabelecidas.
O PPGA caminhou para uma autoavaliação metodologicamente estruturada compreendida por todos os stakeholders e replicável. Especialmente ao longo dos anos de 2019-2020, trabalhou para melhorar as políticas, assim como os mecanismos que estão descritos nos campos a seguir, como também, a concepção e desenvolvimento do projeto do processo de autoavaliação do PPGA. O projeto de autoavaliação do PPGA foi desenvolvido com o objetivo de sistematizar e consolidar um processo avaliativo contínuo, de forma integrada e participativa, para contribuir com o seu desenvolvimento interno, e que possa prestar contas à sociedade, visando o cumprimento de metas. Para a elaboração do projeto do processo de autoavaliação foi considerada a metodologia participativa, a qual teve como base três dimensões: negociação, flexibilidade e construção coletiva. Sendo a sua execução prevista, a ser organizada em três etapas. No entanto, em 2019 instalou-se a comissão de autoavaliação no PPGA, executando a primeira etapa e em 2020 deu-se início a execução da segunda etapa.